Allo scopo di preservare la natura contrattuale del fondo e garantire agli associati affidabilità e trasparenza, il funzionamento del fondo è affidata a organi che hanno una composizione paritetica.

I rappresentanti sono eletti per metà in rappresentanza delle imprese e per metà in rappresentanza dei lavoratori

Gli organi collegiali di Fonchim sono quattro:

• l’Assemblea dei Delegati, organo di indirizzo generale del Fondo (62 rappresentanti di cui 31 di parte datoriale e 31 di parte sindacale);
• il Consiglio di Amministrazione, organo di gestione di Fonchim (14 rappresentanti di cui 7 di parte datoriale e 7 di parte sindacale);
• il Collegio dei Sindaci, organo di controllo del Fondo (4 rappresentanti di cui 2 di parte datoriale e 2 di parte sindacale);
• la Consulta delle Organizzazioni Fondatrici, organo consultivo (18 rappresentanti di cui 9 di parte datoriale e 9 di parte sindacale).

 
L’Assemblea dei Delegati è composta da:

Il C.D.A. è composto da: 

Il Collegio dei Sindaci è composto da:

La Consulta delle Organizzazioni Fondatrici è composta da almeno dodici rappresentanti, scelti su base paritetica dalle Organizzazioni datoriali e dei lavoratori che hanno dato vita a Fonchim.
La Consulta ha compiti consultivi: contribuisce al migliore andamento dell'Associazione e mantiene il collegamento tra Fonchim e le Parti stipulanti i CCNL che hanno dato vita a Fonchim.